Sur la côte nord de l'île, Héraklion est, avec ses 180'000 habitants, le plus grand centre urbain de la Crète. C'est aussi sa capitale administrative et le centre économique et financier le plus important, continuant ainsi la tradition de l'ancienne Cnossos toute proche. Héraklion porte dans son architecture quelque peu chaotique les traces d'une histoire mouvementée, marquée les grandes civilisations qui se sont succédées dans ses murs. Egalement connue sous le nom vénitien de Candia (la Khandaq des Arabes), la ville est ceinte par une enceinte vénitienne des XVI^e et XVII^e siècles.

La ville, bien que très vivante, présente peu d'intérêt culturel en elle-même, à l'exception bien sûr du musée archéologique où sont rassemblées de prodigieuses collections d'antiquités mises au jour en Crète. A visiter également, le port vénitien, la forteresse de Kastro Koulès et la Platia Vénizélou, une des places les plus animées de la capitale.

De Cnossos à Chandakas : Antiquité, première période byzantine et conquête arabe

La ville d'Héraklion fut d'abord habitée pendant l'ère Minoenne. Strabon indique qu'à l'emplacement de la ville actuelle, il y avait un petit port, le mouillage de Cnossos, qui a existé jusqu'à la période romaine de la Crète, aux alentours de 330 ap. J.-C. De 33 à 824 ap. J.-C., durant la première période byzantine, la ville constituait toujours un port important, qui fut à plusieurs reprises attaqué et détruit par les pirates qui infestaient les côtes de la Méditerranée occidentale et des îles de la Mer Egée. En 824, la ville fut conquise par les Arabes, qui construisirent de nouveaux remparts et creusèrent un large fossé pour plus de sécurité. C'est de ce fossé qui entourait ses remparts que la ville prit le nom de Rabdh el Khandaq (Chandakas) qui signifie "le fort du fossé". Durant l'époque de la conquête arabe (824 – 961 ap. J.-C.) la ville devint un des plus grands centres de la piraterie de la Méditerranée.

De Megalo Castro à Candia : Seconde période byzantine et conquête vénitienne

En 961, l'île de Crète fut libérée lors de l'expédition du général (et futur empereur) Nicéphore Phokas et la ville d'Héraklion, après un siège, fut conquise par les Byzantins. Pendant le siège, la ville subit de nombreuses catastrophes et ses vieux remparts furent presque intégralement détruits.

Les Byzantins s'installèrent dans la ville et ils reconstruisirent les remparts pour être en sécurité; en même temps, un programme à grande échelle pour la reconstruction de la ville fut lancé et se concentrait sur la construction de bâtiments publics et la réorganisation du port. C'est pendant cette période que la ville prit le nom de "Grand Fort" (Megalo Castro).

En 1204, la ville fut conquise par le pirate génois Eric Pescatore et en 1210 elle passa aux Vénitiens avec le reste de la Crète. Le Duc s'installa dans la ville, qui devint la capitale du royaume de Crète. Lors de sa conquête par les Vénitiens, la ville prit le nom de Candia et devint le centre politique, financier, social, commercial et intellectuel le plus important de l'île.

Pendant cette période, la ville se vit doter de beaux bâtiments et d'infrastructures publiques, ainsi que de magnifiques églises, fontaines et autres monuments. En même temps elle jouit d'un épanouissement intellectuel, qui se traduit en une remarquable production dans les domaines de la peinture, de la poésie, du théâtre et de l'architecture.

S'apercevant de la menace turque, les Vénitiens décidèrent de fortifier la ville. C'est ainsi qu'un des ouvrages fortifiés les plus importants de la Méditerranée occidentale fut édifié. Les remparts, dont la construction dura de 1462 jusqu'à la moitié du XVI^e siècle, avaient une longueur totale de trois kilomètres et étaient renforcés par sept bastions et percés de quatre portes. Ils ont été conservés dans leur totalité jusqu'à nos jours.

Kandiye : la conquête turque

En 1648, après avoir conquis l'ensemble de l'île, les Turcs assiégèrent la ville. Le siège turc, qui dura vingt-et-un ans, en plus d'être considéré comme un des plus longs de l'histoire mondiale, influença de façon décisive les aspirations des Ottomans pour la conquête de l'Europe.

Quand la ville fut conquise par les Turcs, elle fut nommée Kandiye et sa croissance sociale et intellectuelle s'interrompirent. Ce fut le commencement de la domination turque qui dura environ 250 ans, pendant lesquels la ville connut des catastrophes et des massacres, dont le plus important fut celui de 1897, où 500 Chrétiens – parmi lesquels 17 soldats anglais – furent abattus. Ce fait s'avéra déterminant, étant donné que l'année suivante la Crète, assistée par l'armée britannique, fut libérée des Turcs et devint un état autonome jusqu'en 1913 où elle se rattacha à la Grèce.

Héraklion : la ville grecque moderne

Depuis lors, la ville d'Héraklion acquit un rôle principal en Crète. Elle devint une ville moderne industrielle et principalement commerciale, qui malheureusement fut largement détruite par les bombardements des Allemands pendant la Bataille de Crète en 1941.

Après la libération des Allemands, la ville reçut un afflux d'immigrants, qui se déplacèrent de l'arrière-pays à la ville afin de satisfaire les besoins d'une économie constamment croissante.