Préhistoire et antiquité : la domination de Kydonia sur la Crète occidentale
La Canée occupe l'emplacement de l'ancienne Kydonia, la plus puissante cité de la Crète occidentale.
On ne sait pas grand-chose de la préhistoire de cette région de la Crète, si ce n'est une certaine activité humaine dans les grottes et les plaines du nord de la préfecture. Par contre, la présence minoenne de 2800 à 1200 av. J.-C. est incontestable, comme en témoignent de nombreuses ruines résidentielles et mortuaires. Le village le plus important de la Crète occidentale, par sa superficie et sa longévité, était le village de Kydonia, sur la colline de Castelli, à l'emplacement de l'actuelle ville de La Canée : un complexe palatial, détruit au minoen récent III, puis restauré, est en cours de dégagement, et les débris architecturaux et les objets mis au jour lors de fouilles récentes sont actuellement exposés au musée archéologique de La Canée.
La Crète occidentale devient dorique suite à l'invasion par le prince Althaemenes d'Argos (l'ancienne Mycènes) vers 1100 av. J.-C. C'est le début de la période "hellénique" de l'histoire crétoise et de nombreuses cités-états sont fondées dans la région. Au Vie siècle av. J.-C., les Eginites envahissent à leur tour la Crète. Kydonia reste la cité la plus puissante du point de vue politique, militaire et économique malgré ses conflits perpétuels avec ses voisines Aptéra, Falassarna et Polyrrinia. Cependant ces grandes villes de l'ouest crétois s'unissaient pour repousser les menaces extérieures les plus dangereuses et sortirent ainsi victorieuses de l'attaque de la flotte romaine sur le golfe de La Canée en 74 av. J.-C.
Cependant la Crète fut finalement envahie en 68 av. J.-C. par le consul romain Quintus Metellus. Mais Kydonia fut reconnue ville indépendante et connut une période de grande prospérité sous la domination romaine, jusqu'en 324 ap. J.-C.
Des Byzantins aux Turcs, de Kydonia à La Canée
La période de domination byzantine qui suivit est assez mal documentée, on sait seulement que Kydonia resta une ville importante, comme en témoignent les fondations de la basilique paléochrétienne de Castelli.
La Crète fut occupée par les Arabes Sarrasins de 823 à 961 ap. J.-C. quand elle fut libérée par le futur empereur byzantin Nicéphore Phokas. Kydonia resta une forteresse militaire d'importance sous un nouveau nom : la Canée.
En 1252, la ville fut occupée par les Vénitiens qui la nommèrent Canea. Malgré les révoltes constantes des Crétois, les Vénitiens résistèrent jusqu'en 1645 et marquèrent durablement la civilisation et la culture de l'île et de la ville. Au XIIIe siecle., la ville comportait une cité murée, dite Castello, où se trouvaient la cathédrale, le palais du recteur et quelques demeures de riches Vénitiens, et un faubourg qui fut pourvu d'une enceinte entre 1320 et 1336. En 1537, la ville fut ravagée par le corsaire Barberousse et, dès l'année suivante, Venise envoyait en Crète son meilleur ingénieur, Sanmicheli, pour fortifier la ville. Pourtant la ville tomba devant les Turcs Ottomans en 1645 et ainsi commença la période la plus dure de l'histoire crétoise, pendant laquelle révolutions et massacres se succédèrent. En 1851 les Turcs font de La Canée le centre administratif de la Crète.
La ville grecque moderne
Pendant la période d'indépendance crétoise, de 1898 à 1913, La Canée est la capitale de l'île avec à sa tête le prince Georges Ier de Grèce. Le quartier de Hallepa a hérité d'embassades et consulats de style néoclassique datant de cette période.
Après "l'enosis" (union avec la Grèce), La Canée reste la capitale administrative jusqu'à ce qu'Héraklion prenne le relais en 1971.