La chapelle néo-baroque de Saint Jean Sarkander est un bâtiment à deux étages, surmonté d’une coupole avec lanterne. Au milieu de la salle des prières, une ouverture ronde donne vers le sous-sol où est installé un chevalet de l’époque de Sarkander. Les intérieurs de la chapelle sont agréablement illuminés. La lumière du jour pénètre par la lanterne de la petite tour dans la salle des prières et, depuis là et par l’ouverture ronde, dans les sous-sols du bâtiment.

Les environs immédiats de la chapelle font partie des endroits les plus pittoresques d’Olomouc. L’escalier adjacent à deux volées est décoré par une statue de Saint Jean Nepomucky. Dans la niche du coin est placée la statue de Saint Jean Sarkander.

Sur le site de la chapelle s’élevait depuis le XV^e siècle, la prison de la ville. En 1620, Saint Jean Sarkander y a été interrogé et torturé à mort. Dans la première moitié du XVIII^e siècle, une chapelle baroque a été bâtie sur les fondations de la prison.

L’architecture actuelle de la chapelle Saint Jean Sarkander est de style néo-baroque. Dans les années 1994-1995 la chapelle a été entièrement reconstruite à l’occasion des fêtes canoniques qui se sont déroulées à Olomouc le 21 mai 1995.