Les Tokugawa réussissent à gérer par la paix une société orientée vers la guerre : les daimyos sont partagés en deux groupes, ceux de l'intérieur, partisans de Ieyasu en 1600, fournissent les cadres de l'administration, et ceux de l'extérieur, ralliés postérieurement, se retrouvent à la périphérie. Les fiefs des daimyos de l'intérieur encerclent ceux des daimyos de l'extérieur (stratégie du go). Le domaine des Tokugawa regroupe les deux pôles territoriaux du Japon, le Yamato et le Kanto. Le système de résidence alternée, obligeant les seigneurs à passer une année sur deux à Edo et à y laisser leur famille, jugule toute velléité de révolte.

Cette réforme du féodalisme s'accompagne d'une refonte administrative. Deux Conseils de daimyos coiffent l'administration centrale : le Conseil des anciens et le Conseil des jeunes anciens. Localement, l'autorité des seigneurs est contrebalancée par celle des gouverneurs civils. L'idéologie néoconfucéenne fonde une redéfinition de la société en quatre échelons : nobles (bushi), paysans, artisans et marchands, mais leurs devoirs sociaux (giri) sont complémentaires. En marge se trouvent les hors-castes (ronins, geishas).

À cette rigidité politique correspond la volonté de préserver le Japon d'une subversion idéologique ; c'est ainsi que, d'une part, les persécutions contre les chrétiens reprennent au début du XVII^e siècle ; les Espagnols puis les Portugais sont expulsés, leurs émissaires sont exécutés en 1640, et seuls les Hollandais sont tolérés, mais ils sont confinés à Deshima. D'autre part, depuis 1636, les Japonais se voient interdire de quitter le pays ; le développement des quartiers d'amusement sert d'exutoire sensuel à l'élite, et la pratique des formes poétiques conventionnelles jointe à l'ouverture à la pensée occidentale (rangaku, «le savoir hollandais») d'exutoire intellectuel, ce qui contribue à garantir la stabilité du système.

La paix favorise la naissance d'une économie nationale : la circulation des biens s'accélère, et les marchands développent le crédit pour financer le train de vie des seigneurs qui résident en ville. Les maisons de commerce (comme Mitsui) font leur apparition. Les paysans acquièrent une plus grande autonomie, les campagnes s'enrichissent, l'enseignement se développe (45 % des hommes savent lire et écrire). La crise économique de la fin du XVIII^e siècle entraîne des réformes ; si celles des Tokugawa échouent, les réformes des plus puissants fiefs de l'extérieur, Satsuma et Choshu, réussissent. Il en résultera, au milieu du XIX^e siècle, une inversion du rapport de forces entre les fiefs.

Face à la pression des Occidentaux, un courant nationaliste se développe : «Révérons l'empereur et repoussons les Barbares.» C'est alors qu'a lieu, en 1853, l'irruption de la canonnière de l'amiral américain Matthieu Perry, qui exige l'ouverture commerciale ; il obtient le libre accès aux ports de Shimoda et de Hakodate pour les navires américains en 1854. Le bakufu doit signer des accords semblables avec l'Angleterre, la Russie et les Pays-Bas.

En 1858 sera signé le traité des Cinq Nations, qui inclut la France. Face à l'Occident, l'équilibre féodal se disloque : les Tokugawa sont partagés en deux camps, certains fiefs de l'intérieur s'opposant à Satsuma et à Choshu, qui finissent par s'entendre pour éliminer le bakufu, au nom de l'empereur, en 1868. C'est le coup d'État de Meiji.

L'objectif de la «restauration» de Meiji est de transformer l'ensemble du système socio-économique pour assurer la survie du Japon face au «péril blanc». Les réformateurs sont de jeunes aristocrates dont l'action va être légitimée par l'empereur Mutsuhito.

En 1869, les daimyos rendent leurs fiefs à l'empereur, recevant à titre d'indemnités des bons d'État. Les privilèges des samouraïs (qui deviendront les cadres du nouveau régime) sont abolis. L'armée devient une armée de métier, et non plus de caste économique. Le gouvernement crée le yen en 1871, puis met en place un système bancaire et un système fiscal fondé sur une réforme foncière. Sous l'impulsion de l'État, qui introduit les technologies étrangères les plus performantes, le développement des infrastructures accompagne celui de l'industrie. Le déficit budgétaire entraîne des privatisations massives dès 1881 et la naissance d'un capitalisme privé. Sur le plan éducatif, un enseignement d'État hautement compétitif forme une nouvelle élite. Enfin, une Constitution est élaborée en 1889, mais l'empereur contrôle l'exécutif, et le gouvernement est responsable devant lui.

En 1894, le Japon signe un traité d'égalité avec le Royaume-Uni. Désormais le Japon peut vaincre la Chine (1895), puis la Russie (1905) et annexer la Corée (1910). Lorsque l'empereur Mutsuhito, appelé Meiji tenno, meurt en 1912, la restauration a réussi.

La Première Guerre mondiale permet au Japon de poursuivre son expansion : il s'empare des possessions allemandes en Chine et dans le Pacifique, et obtient des concessions ferroviaires et minières en Mandchourie. Dès lors, deux logiques politiques vont s'opposer : celle des partis et celle de l'armée. L'empereur Hirohito, depuis son avènement en 1926, navigue entre ces deux pouvoirs. La crise frappe alors le Japon en 1931. Le chômage touche 20 % de la population active. En entrant en Mandchourie en septembre 1931, l'armée, qui compte beaucoup d'officiers roturiers et ne bénéficie pas d'un prestige particulier, prend sa revanche. L'empereur nomme alors le prince Kanin chef d'état-major.

Avec l'assassinat du directeur général de Mitsui et du Premier ministre, en 1932, par les ultranationalistes, la voie militaire a définitivement pris le dessus. La création de l'État du Mandchoukouo a lieu en 1932, et Puyi, ex-empereur de Chine, est placé à sa tête par les Japonais en 1934. Le Japon quitte la SDN (Société des Nations) en mars 1933, puis dénonce les accords de Washington, qui limitaient sa puissance navale.

La guerre avec la Chine a lieu en 1937. Mais lorsqu'en 1936 les ultranationalistes encerclent le Parlement et assassinent le ministre des Finances et le principal conseiller de l'empereur, ce dernier fait proclamer la loi martiale. Le prince Konoe (un Fujiwara) est alors nommé Premier ministre, et le shintoïsme devient la base du nationalisme. La concentration de l'appareil financier permet le développement d'un complexe militaro-industriel. L'armement devient le moteur d'un développement où la part de l'industrie lourde dans la valeur ajoutée industrielle double en dix ans.

Après la défaite de la France en août 1940, les troupes japonaises entrent en Indochine, mais Washington tente de mettre un frein à cette expansion en imposant un embargo économique.

Cependant, après l'attaque-surprise de Pearl Harbor en décembre 1941, le Japon, qui a adhéré en septembre 1940 au Pacte tripartite avec l'Allemagne et l'Italie, s'empare des colonies de l'Asie du Sud-Est.

Toutefois, les Japonais, après plusieurs défaites aéronavales, perdront le contrôle du Pacifique dès 1944. En août 1945, le Japon, après le largage de deux bombes atomiques, sur Hiroshima et Nagasaki, capitule.

Le Japon sort de la guerre profondément traumatisé : vaincu pour la première fois de son histoire, il se retrouve aux mains des Occidentaux, qui défèrent à la justice ses anciens dirigeants. De surcroît, il doit réinsérer plus de 6 millions de Japonais d'outre-mer et 5 millions de soldats, alors que son PNB ne représente plus que les deux tiers de celui du milieu des années 1930 et que sa capacité industrielle ne dépasse pas 60 % de ce qu'elle représentait avant guerre.

Le général MacArthur, nommé commandant des forces d'occupation, entreprend de démilitariser et de démocratiser le pays. Et pour commencer, il brise les structures qui ont sous-tendu le militarisme : l'empereur doit renier son ascendance divine, la noblesse perd ses prérogatives, le shintoïsme n'est plus religion d'État, les femmes obtiennent l'égalité juridique, et les zaibatsu, ou conglomérats, doivent être démantelés. Une réforme agraire introduit la petite propriété rurale. Le système éducatif reproduit le système américain. La Constitution de 1946 installe une démocratie parlementaire reposant sur le bicaméralisme.

Avec la guerre froide, les exigences américaines tombent, et dix-huit zaibatsu seulement sont démantelés. La classe politique se reconstitue, avec deux courants, «progressiste» et «modéré». En 1948, le modéré Yoshida devient Premier ministre, et, sous diverses appellations, ce second courant conservera le pouvoir jusqu'à nos jours. Le plan Dodge permet de stabiliser les prix au détriment de l'emploi. La guerre de Corée remet en marche la machine économique, et, après la signature du pacte de sécurité nippo-américain, le Japon se retrouve libre en 1952.

En parallèle, les zaibatsu se reconstituent, et la vie politique se stabilise. Les liens financiers entre partis et entreprises deviennent caractéristiques du système sociopolitique. En 1955, grâce à l'intervention du puissant ministère de l'Économie (MITI), le Japon rattrapa son niveau de production du milieu des années 1930.

En 1964, le Japon adhère au FMI, et les jeux Olympiques se déroulent à Tokyo. Huit ans plus tard, il récupère Okinawa. En 1970, le PNB japonais arrive au troisième rang mondial, et depuis 1955 le PNB par habitant a été multiplié par quatre. La stabilité politique, l'épargne et la spécialisation des choix industriels sont à la base de la croissance. Les excédents commerciaux se développent à partir de 1975, et le Japon peut multiplier les investissements à l'étranger. À la mort de l'empereur Hirohito, en 1989, le Japon est devenu la deuxième puissance économique mondiale, mais le parti libéral-démocrate, au pouvoir depuis quarante ans, témoigne d'un certain essoufflement : mis en minorité aux élections de juillet 1993, il cède le pouvoir à une coalition de sept partis conservateurs et socialistes.

Le nouveau Premier ministre, Morihiro Hosokawa, est vite remplacé par Tsutomu Hata, qui forme le 28 avril 1994, un gouvernement minoritaire dont les socialistes sont exclus. Cependant, le 29 juin, il doit lui-même s'effacer devant le socialiste Tomiichi Murayama, également à la tête d'une coalition. Nommé Premier ministre en 1996, le libéral-démocrate Ryutaro Hashimoto propose, en avril 1998, un plan de relance de l'économie japonaise, essentiellement basé sur une politique de relance des grands travaux et de réductions d'impôts.

Cependant, l'incapacité de son gouvernement à résoudre la grave crise économique que traverse le pays, se voit rapidement sanctionnée par la défaite de son parti aux élections sénatoriales organisées le 12 juillet . Le 30, la chambre basse de la Diète charge l'ancien ministre des Affaires étrangères, Kenzo Obuchi, de prendre la direction du gouvernement. Ce dernier procède à un remaniement du gouvernement pour concrétiser la nouvelle alliance conclue entre sa formation, le Parti libéral démocrate (PLD), le Parti libéral (PL) et le Nouveau Komeito, émanation politique de la secte bouddhiste Soka Gakkaï. La nouvelle coalition de centre-droit dispose de plus des deux tiers des votes à la Chambre des représentants et contrôle la majorité au Sénat.

Sur le plan économique, la fin de l'année est marquée par la mise en œuvre d'une restructuration du secteur financier, principalement illustrée par la fusion de trois des principales banques nationales, constituant dès lors le premier établissement bancaire au monde. Le 5 avril 2000, Yoshiro Mori est appelé à la direction du gouvernement en remplacement de Keizo Obuchi, malade et qui décède peu de temps après. Son impuissance face à la crise économique et son impopularité croissante contraignent cependant Mori à démissionner au début du mois d'avril 2001. C'est le réformiste Junichiro Koizumi qui lui succède. Le Parti libéral démocrate de ce dernier a remporté triomphalement les élections législatives anticipées de septembre 2005, avec 296 des 480 sièges du Parlement (majorité absolue).