Le voyage de Charles IX en son royaume n'avait pas calmé la lutte des partis. En août 1566, le passage du duc d'Albe le long du nord-est de la France, alors qu'il faisait route vers les Pays-Bas pour y mener la répression des Gueux, inquiéta les protestants, qui crurent que l'armée mobilisée pour protéger le royaume - avec les milliers de Suisses recrutés à cette occasion - allait finalement être tournée contre eux.

L'événement qui rouvrit le conflit fut la «surprise de Meaux» : Condé tenta d'enlever Charles IX, qui se trouvait avec la cour au château de Monceaux-en-Brie, mais le roi, averti de la concentration des troupes protestantes, gagna Meaux puis, le 28 septembre 1567, sous une puissante escorte, Paris.

L'armée du prince de Condé assiégea la capitale ; le connétable de Montmorency tenta une sortie à Saint-Denis, le 10 novembre, combat au cours duquel il fut mortellement blessé - le duc d'Anjou, le futur Henri III, lui succéda à la tête de l'armée royale. Les protestants se replièrent alors et se portèrent vers Chartres, tandis que, dans le Midi, ils s'emparaient de plusieurs villes, notamment Nîmes, où une vingtaine de catholiques furent tués le 30 septembre 1567, lors de la Saint-Michel - d'où le nom de «Michelade» donné à ce massacre.