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Henri IV il y fut d'abord lourdement impliqué en tant que prince de sang et protestant avant d'accéder au trône de France. En tant que roi, il se convertit au catholicisme, et signa l'Édit de Nantes, qui autorisa la liberté de culte pour les protestants et mit fin aux guerres de religion.
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La dernière guerre de Religion
La mort du duc d'Anjou, en juin 1584, posa ouvertement la question de la succession d'Henri III. Henri de Navarre, premier prince du sang, était l'héritier potentiel en vertu de la loi salique - il était cousin de Henri III au vingt-deuxième degré, étant un descendant de Robert de Clermont, le dernier fils de Saint Louis. Cependant, les catholiques opposaient une autre loi, qui leur semblait tout aussi fondamentale : tous les souverains français devaient être de religion catholique. Dès lors, les catholiques s'organisèrent en une ligue urbaine, centrée sur Paris, et une ligue nobiliaire, dont les Guise étaient les chefs.
Coutras (20 octobre 1587) et Auneau (24 novembre 1587) La huitième et dernière guerre de Religion s'ouvrit après que les ligueurs eurent imposé le traité de Nemours (7 juillet 1585), par lequel Henri III s'engageait à extirper la religion réformée de son royaume, et déclarait Henri de Navarre déchu de ses droits à la couronne de France.
Les protestants prirent l'offensive dans le Dauphiné, avec Lesdiguières, tandis que, dans le Poitou, Henri de Condé repoussa les ligueurs. Les deux partis se trouvant très affaiblis financièrement eurent recours à l'aide étrangère, que ce soit l'argent de l'Espagne pour les Guise, ou celui d'Angleterre pour les protestants ; en outre, tous levèrent des troupes en Suisse et en Allemagne.
A Coutras, le 20 octobre 1587, Henri de Navarre vainquit les armées royales emmenées par Anne de Joyeuse, qui y trouva la mort. Quelques jours plus tard, le duc de Guise repoussait les Suisses à Vimory (26 octobre) et les reîtres à Auneau (24 novembre), les empêchant de se joindre aux forces de Navarre et de Condé. Ainsi, aucune opération militaire n'avait été décisive, tandis que la situation politique était de plus en plus tendue. En mars 1588, la mort d'Henri de Condé laissa le Béarnais seul chef des réformés.
Le royaume déchiré
Au début de l'année 1588,
l'impopularité du roi était à son comble. Le
13 mai, Henri III se décidait à fuir,
abandonnant Paris aux ligueurs, qui, la veille, avaient dressé
des barricades. Paris était alors dirigée par les Seize,
un comité insurrectionnel constitué en majorité
d'hommes de loi et de marchands, chargés de diffuser les
directives de la Ligue dans les seize quartiers de Paris. Des
pamphlets ligueurs réclamaient l'élection des princes
par le peuple, l'élection aux offices, et surtout
l'autonomie du gouvernement de la ville
Aux états généraux de
Blois, ouverts en décembre 1588, les députés, en
majorité ligueurs, demandèrent à pouvoir exercer
un contrôle effectif sur le Conseil du roi.
Henri III, cherchant alors à rétablir
son pouvoir de plus en plus contesté, ordonna
l'assassinat du duc de Guise et de son frère Louis (23
et 24 décembre 1588). Aussitôt, de nombreuses
villes, comme Marseille, firent sécession, et le Paris
ligueur se déchaîna contre le roi : les Seize
épurèrent le Parlement, qui commença le
procès d'Henri III ; la Sorbonne releva les sujets
du serment de fidélité au souverain et leur permit de
se défendre, à main armée, contre le tyran. Henri
de Valois était devenu le «vilain Hérodes»,
selon un anagramme de l'époque.
Les rôles dans cette huitième
guerre de Religion se retrouvaient bouleversés :
l'alliance du roi et des Guise était rompue, au profit
d'une nouvelle alliance des rois de France et de Navarre.
Henri IV le pacificateur
L'assassinat d'Henri III par Jacques Clément (1er août 1589) renversait une nouvelle fois la donne politique. «Paris est une vraie anarchie», écrivait le parlementaire Etienne Pasquier à son fils en 1589. Pour mettre un terme au conflit, Henri IV dut s'appuyer sur les princes catholiques ralliés et sur ceux des protestants qui acceptaient la perspective de l'abjuration du roi et de sa conversion au catholicisme.
Habile politique, Henri IV parvint à vaincre politiquement les ligueurs en abjurant solennellement à Saint-Denis le 25 juillet 1593, en se faisant sacrer à Chartres le 27 février 1594, et en obtenant le pardon du pape en septembre 1595 ; homme de guerre efficace, il vainquit les rebelles à Arques (1589) et à Ivry (1590), puis défit les Espagnols à Amiens (1597).
Cependant, il fallut attendre 1598 pour que la paix fût enfin pleinement rétablie dans le royaume. Cette année-là, en effet, furent signés à la fois l'édit de Nantes, qui assurait la paix religieuse, et le traité de Vervins, le 2 mai, qui mettait fin à la guerre avec l'Espagne.
La victoire de l'absolutisme royal
La victoire du premier des Bourbons fut ainsi le fruit d'un processus complexe, qui partit de l'échec des tentatives de conciliation religieuse au tout début des années 1560. C'est alors qu'émergea la solution étatiste - différencier l'Etat de l'Eglise, et sauver le royaume à défaut d'imposer une seule et unique religion aux sujets -, d'abord prônée par Michel de L'Hospital, solution qui mit plus de trente ans à s'affiner.
Certains événements tragiques de cette période peuvent ainsi être compris comme les derniers soubresauts de factions politiques vouées à la disparition - ainsi la Ligue nobiliaire, dont l'échec marque une étape importante dans la consolidation de l'absolutisme royal -, tandis que d'autres événements préfigurent la révolution de 1789 : rébellion des députés des états généraux et insurrection parisienne de 1588 notamment.
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