Dans ce même siècle, un autre souverain, l'empereur Frédéric II de Hohenstaufen, filleul du pape Innocent III, qui l'a couronné de sa propre initiative, ose montrer l'intérêt qu'il porte à l'islam, voire son amitié pour les musulmans. Il négocie avec eux et obtient leur autorisation pour rétablir le pèlerinage à Jérusalem. Cette attitude est jugée intolérable par Rome: Frédéric II est excommunié et déposé. Après les rois normands de Sicile au XII e siècle, avant Charles IV de Bohême au XIV e siècle, Frédéric II est cependant le souverain occidental qui a le plus fait pour la compréhension mutuelle des sociétés méditerranéennes. Les commerçants italiens, du reste, n'ont pas attendu le XII e ou le XIII e siècle pour entretenir des relations régulières avec l'Afrique du Nord et l'Orient musulman.

Les Mongols et les Ethiopiens
Puisqu'il est impossible de vaincre les musulmans, on projette de les contourner pour gagner l'Orient fabuleux. Or l'horizon semble s'ouvrir avec l'expansion foudroyante des Mongols: ils ne pratiquent officiellement aucune des grandes religions. Le rêve prend forme de les convertir au christianisme romain. On leur envoie missionnaires après missionnaires. Les Mongols, en majorité, choisissent l'islam. La percée espérée n'est pas accomplie. L'expansion ottomane, aux XIV e et XV e siècles, referme la lucarne occidentale ouverte sur l'Asie.  

Dès le XIII e siècle, mais surtout au XIV e siècle, la papauté et bon nombre de clercs occidentaux ont commencé à entrevoir l'espoir de réaliser avec des peuples africains, notamment avec les Ethiopiens, longtemps ignorés, voire méprisés, l'idéale alliance de revers contre les musulmans. La papauté, au concile de Florence, au début du XV e siècle, a même cru que les Ethiopiens rejoindraient l'Eglise romaine.

La papauté contre l'Empire
Cette papauté a pris des dimensions nouvelles. En 1059, un décret réserve aux seuls clercs l'élection pontificale. La papauté se lance dans une politique de réforme de l'Eglise, largement soutenue par les moines et certains laïcs. Mais elle rencontre l'hostilité des empereurs, peu soucieux d'abandonner les prérogatives que leur assure le contrôle des nominations épiscopales. Le conflit avec l'Empire prend par moments un tour très violent; c'est une véritable guerre où s'affrontent, en Italie, partisans de l'empereur et partisans du pape.

A la fin du XII e siècle, l'élection d'un pape très actif, Innocent III (1198-1216), apaise pour un temps ce conflit. Innocent III donne au pouvoir pontifical un droit de regard sur le clergé dans tous les royaumes occidentaux. Ses successeurs tentent de suivre son exemple. La papauté est sereine: jusqu'en 1293, il n'y a plus d'empereur. Mais un nouveau danger surgit devant les prétentions pontificales: le roi de France, Philippe IV le Bel, n'hésite pas, avec l'aide de ses légistes, à s'en prendre aux excès de pouvoir pontificaux et à faire insulter le pape Boniface VIII par ses envoyés. Lorsque s'ouvre le XIVe siècle, la situation pontificale est beaucoup moins brillante.

A Paris, des textes d' Aristote, inconnus auparavant et rendus accessibles grâce à des traductions de l'arabe au latin effectuées en Espagne, suscitent des discussions théologiques approfondies. L'audace de certains théologiens inquiète Rome, qui décide de sanctionner leur enseignement; cependant, ces discussions sont à l'origine d'un corpus théologique que l'Eglise catholique reconnaîtra comme fondement de la théologie: la Somme contre les gentils et la Somme théologique, de saint Thomas d'Aquin.

Franciscains et Dominicains
Le débat sur la richesse a atteint presque toutes les couches de la société. La monétisation croissante fait que les pouvoirs laïcs ou religieux ne peuvent plus se contenter des revenus de leurs domaines ruraux pour faire face à de fortes dépenses annuelles. L'Eglise ne peut rester en dehors de ce courant général, qui remplace l'ancienne richesse foncière par celle des monnaies et du capital. Après la floraison des hérésies, condamnées mais qui ont reflété la persistance d'un idéal de vie pauvre, la papauté cherche un compromis.

Deux nouveaux ordres naissent, urbains et non plus ruraux, voués à mendier pour vivre, à qui la possession de terres à titre individuel demeure interdite. Saint François d'Assise restera fidèle à cette ligne de conduite, et ses disciples, les Franciscains, font vœu de se consacrer à la prière et à la prédication. Saint Dominique, un Espagnol, oriente très tôt son ordre vers la mission, l'étude et l'observance de l'orthodoxie. Les Dominicains jouent un rôle majeur dans les universités, mais aussi dans l'Inquisition réorganisée. L'idéal de pauvreté va disparaître, comme l'esprit de croisade, au XIV e siècle, enseveli par l'évolution rapide de l'Occident vers le capitalisme.