Outre les révoltes urbaines et paysannes, l'époque moderne connut une hausse des conflits intracommunaux et des mouvements protestataires chez les artisans et les victimes de la cherté. Mais le principal élément nouveau fut la Réforme, cause première du sac d'Ittingen (1524) et des troubles de 1525, qui s'étendirent du lac de Constance au Jura ; mais, sauf aux Grisons (articles d'Ilanz de 1524-1526), il n'y eut pas de véritable guerre des paysans comme en Allemagne. L'Evangile servait désormais à légitimer les revendications des paysans. Les questions religieuses dominèrent dans les luttes contre les anabaptistes et dans des conflits confessionnels parfois interminables (Appenzell, Toggenbourg, Sacro Macello en 1620, affaires de Glaris, de Gachnang en 1610, de Wigoltingen en 1664) ; elles se mêlèrent à des enjeux territoriaux (par exemple dans les guerres de Kappel, 1529-1531) et de politique étatique (à travers le soutien à des coreligionnaires ou, entre 1560 et 1680, dans les nombreux procès de sorcellerie intentés surtout contre des femmes).

Les autorités urbaines et les princes des pays alliés cherchant à renforcer leur pouvoir, les sujets réagirent en refusant de prêter serment et, dès 1590, en se révoltant contre l'impôt (guerre du Rappen). La guerre des Paysans de 1653 fut le plus grave des conflits sociaux avant 1798 ; ses protagonistes avaient des buts révolutionnaires et une organisation supra-cantonale. Les autorités remportèrent la victoire sur le plan militaire ; elles renoncèrent cependant à leurs projets d'impôt direct et d'armée permanente. Ensuite, la plupart des révoltes furent urbaines : face à des Conseils de plus en plus oligarchiques (Oligarchie, Oligarchisation), les simples bourgeois exigeaient un droit de regard et de participation : à Bâle en 1691, à Zurich en 1713, 1734-1736, 1777, à Lucerne en 1651-1653, à Berne notamment lors de la conjuration de Henzi, à Genève lors de l'affaire du Tamponnement. Les Pays sujets des cantons campagnards se défendirent au XVIII s. contre la détérioration de leur statut (soulèvement de la Léventine, affaire de Werdenberg). Les communes rurales et les villes municipales demandèrent des baisses d'impôts et davantage d'autonomie et de participation (affaires de Wilchingen et de Stein am Rhein, troubles de l'évêché de Bâle, Toggenbourg, soulèvement Chenaux).

Après la Réforme, on ne recourut plus guère à l'arbitrage de la Diète fédérale en cas de conflit social, sans pour autant mettre en place, comme dans l'Empire ou en France, une procédure judiciaire devant de hautes cours. C'était de plus en plus souvent l'autorité souveraine qui arbitrait les, fréquents dès le XVI s., opposant gros paysans et journaliers d'une même commune. Dans quelques cas (guerre du Rappen, Toggenbourg, troubles de l'évêché de Bâle), on établit une distinction entre sujets "obéissants" et "factieux", distinction mal fondée puisque certains, surtout des détenteurs de charges publiques, avaient pris part au mouvement contre leur gré. Il en alla de même dans les cantons campagnards, lors des luttes partisanes et clientélistes des XVII et XVIII s. (Harten- und Lindenhandel), et dans les républiques alliées, où l'on en arriva entre le XV et le XVIII s. à des formes de justice expéditive (Fähnlilupf et Strafgericht aux Grisons, levée de la Mazze en Valais).

Dès le XVI s., les communes urbaines et rurales refusèrent d'admettre de nouveaux bourgeois. Dans le même esprit, l'Etat organisait, souvent à la demande des sujets, des "chasses" aux Mendiants, aux nomades (Jenisch) et Réfugiés, aux juifs, anabaptistes et Tziganes.

Les femmes, rares à apparaître dans les sources, agissaient sans doute à l'arrière-plan. La participation des Sociétés de jeunesse est plus manifeste. Les actes collectifs et individuels de protestation, tels que refus de servir, braconnage, contrebande, vol de bois, allaient de la rébellion à la lieu, comme ailleurs en Europe occidentale, des mouvements contre la cherté (1698, 1749, 1789), ainsi que des grèves d'artisans et de compagnons (17 entre 1533 et 1794) ; il s'en produisit aussi en d'autres temps (bas Moyen Age) et lieux (Zurich ou Bâle), mais seuls les cas genevois ont été étudiés.

Après 1789 reparurent de vieilles revendications, datant parfois du Moyen Age, en faveur de l'égalité (Bas-Valais, Genève, Bâle, Zurich), de la restauration des assemblées d'états (évêché de Bâle, Pays de Vaud) ou de la transformation d'une contrée en république à landsgemeinde, indépendante et membre de la Confédération (Gütlicher Vertrag de 1795, Toggenbourg, Werdenberg). A cela s'ajoutèrent des requêtes inspirées des Lumières, comme la liberté des études et de l'industrie (affaire de Stäfa), et l'irruption de la (République rauracienne en 1792, Valteline en 1797).

Les traits fondamentaux des conflits sociaux du bas Moyen Age et des Temps modernes sont la place qu'y tiennent les organisations de type communal ou municipal, la crainte des chefs-lieux envers toute participation des campagnes sujettes et le fait que la revendication ultime ait été l'instauration d'une landsgemeinde (bien plus que celle d'assemblées représentatives d'états selon le modèle européen d'institutionnalisation du débat politique). Ces conflits ont joué un grand rôle dans la formation de l'Etat en Suisse, particulière par rapport à celle des pays européens, marquée par l'absence de monarchie absolutiste et de dynastie noble et qui s'opère à partir de républiques communales liées par un réseau de pactes.

© Dictionnaire historique de la Suisse. Rédaction Andreas Würgler