Pendant les guerres de la monarchie des Habsbourg et ses alliés avec la France napoléonienne, les habitants d´Olomouc étaient des témoins des marches des armées autrichiennes et d´autres armées, des séjours des monarques et des généraux. La forteresse d´Olomouc a joué un rôle important pendant la bataille d´Austerlitz en 1805. Toute la cour viennoise de l’empereur François II, s´est échappée à Olomouc en cherchant l´abri contre l´armée de Napoléon qui avançait rapidement. La cour était logée au palais de l´Archevêché.

Le tsar Alexandre I est arrivé à Olomouc de Berlin. Il a accepté l´hospitalité de l’empereur François II et fut aussi logé au palais de l´Archevêché. Formant cinq colonnes, les armées de la coalition, se sont mises en marche vers Brno.

A cause de la défaite cuisante à Austerlitz des troupes russes en retraite sont arrivées à Olomouc avec une cinquantaine des Français qui exigeaient d´ouvrir les portes de la forteresse - ils ont été refoulés. La ville d´Olomouc n´était pas donc assiégée même s´il y avait à peu près 10’000 soldats.

Au mois de janvier en 1806, les troupes françaises ont quitté la Moravie. Après la défaite définitive de Napoléon à la bataille de Waterloo en juin 1815, les corps d´armée autrichienne et russe ont marché de nouveau autour d´Olomouc qui avait été devenu le centre de rassemblement des prisonniers de guerre français. Après la libération, les généraux français ont fait une soirée d´adieu avec des habitants d´Olomouc dans une salle dans la maison de la rue Litovelská.

A part des Français captifs, des prisonniers d´Etat - surtout des représentants importants de la France révolutionnaire - furent internés dans la forteresse d´Olomouc. Le plus connu entre eux était le citoyen français La Fayette. Originaire d´une vieille famille noble, il pris activement part à la guerre américaine de l´indépendance et à la Révolution française. Le général La Fayette était emprisonné à Olomouc en 1794. A partir de 1795, sa femme et ses deux filles partageaient l´internement avec lui. La famille La Fayette n´a été libérée qu´après la signature de la paix entre l´Autriche et la France en 1797.

Les guerres napoléoniennes soulignaient l´importance de la forteresse à Olomouc, c´est pourquoi en 1829 la commission militaire a recommandé des réparations des fortifications et son élargissement en construisant des fortins avancés. La construction des fortins a commencé en 1839 et au cours des années suivantes des petites fortes entourait la forteresse d´Olomouc à la distance de 2-3 km. L´un à l´autre était à la distance de 1-2 km.

La vie à Olomouc était dirigée par un régime strict de la forteresse ce qui empêchait le développement économique de la ville, mais grâce à la présence permanente des 5’000 hommes, les grands bénéfices découlaient dans les coffres-forts des artisans, des marchands, des hôteliers et des propriétaires des maisons closes. Comme les remparts empêchaient le développement industriel, les maisons d´Olomouc avaient trois étages à cause du manque de la surface de construction - Olomouc donnait l´impression d´une grande métropole.

A la moitié du XIX^e siècle, on a estimé qu’Olomouc comptait 13’000 citoyens, dont 3000 habitaient la banlieue. La vie calme des bourgeois d´Olomouc dans les années 1830 et 1840 correspondait au style de ce temps-là appelé « biedermeier ». On a élargi la surface pavée de la ville et l´archevêque l´archiduc Rudolf a fait planter une alignée d´arbres qui bordait la ville. Depuis 1839, la ville s´occupe de ces parcs publics.

Olomouc se trouvait au carrefour des 4 routes impériales – de Prague, de Brno, de la Pologne et de la Silésie qui débouchaient sur les portes principales d´Olomouc. La révolution des transports causée par le chemin de fer avec la locomotive à vapeur est parvenue à Olomouc en 1841, quand le premier train est arrivé par l´embranchement de la voie ferrée du Nord menant de Vienne à Krakow. En moins de 4 ans, le chemin de fer a relié Olomouc et Prague. La mise en service de ce chemin de fer d´Etat était l’occasion pour la fête somptueuse. Des représentants de la famille régnante ont participé à cette inauguration. L´empereur Ferdinand était représenté par son frère l´archiduc François Charles - père du futur empereur François Joseph I.