Au seuil du conflit européen, qui allait commencer avec l’intervention de la partie radicale des ordres tchèques contre le gouverneur impérial dans les villes praguoises en mai 1618, Olomouc représentait la ville de Moravie la plus peuplée et à l’économie la plus forte. Mais, sous la surface de la vie quotidienne, bouillonnaient depuis de maintes années déjà les conflits politico-religieux entre la majorité protestante, qui était toutefois privée de participation aux décisions portant sur les affaires de la ville, et la minorité catholique, régnant au conseil municipal.

Après de longs pourparlers et malgré les nombreuses protestations des catholiques, la ville passa du côté de l’insurrection. Les jésuites, qui furent, en tant qu’inspirateurs de l’intolérance religieuse expulsés du pays, durent quitter Olomouc, les propriétés et tous les biens mobiliers de l’évêché d’Olomouc ayant été confisqués. Le conseil municipal existant fut dissous et un nouveau conseil fut nommé sur proposition de la commune, dans lequel prédominaient les protestants. Olomouc devint le point de rassemblement des troupes tchèques et dut subir les fréquents hébergements de militaires et les emprunts de guerre. Les persécutions contre le clergé catholique s’accentuaient, de fait, toutes les églises catholiques de la ville furent fermées durant un certain temps. En février 1620, Frédéric V, électeur palatin et nouveau souverain, fut solennellement accueilli à Olomouc.

Le renversement de la situation eut lieu après la défaite des troupes tchèques à la Montagne blanche, en novembre 1620. Dès janvier 1621, Olomouc fut occupée sans résistance par les troupes impériales. Le conseil municipal jusqu’alors en majorité protestant fut destitué et remplacé par un nouveau conseil, composé de catholiques fidèles. La peine subie par la ville pour s’être rebellée fut sévère. 38 maisons d‘une valeur de 80’000 florins furent confisquées et les citadins durent verser plus de 200’000 florins d’amendes. Le clergé catholique tira grand profit des confiscations. Les jésuites d’Olomouc, qui étaient revenus et avaient restauré l’enseignement au sein de l’université locale peu après l’occupation d’Olomouc par les troupes impériales, furent grassement dédommagés.

Les faits de guerre des années suivantes, liés au séjour presque ininterrompu des troupes des Habsbourg ou des troupes de la coalition anti-Habsbourg à l’intérieur de la ville et dans ses environs, eurent un impact funeste sur la vie de la ville. Les emprunts de guerre disproportionnés et les dépenses sans cesse croissantes liées à l’hébergement et à l’approvisionnement des armées, détruisirent littéralement la vie économique d’Olomouc. La population, systématiquement appauvrie, souffrait d’une misère pouvant difficilement être décrite. De nombreux habitants étaient ruinés et nombre d’entre eux quittèrent leurs foyers. En outre, la vie durant ces années de guerre fut marquée par des catastrophes, sous forme d’incendies et d’épidémies de peste. L’arrêt de la progression de ces épidémies fut attribué à Sainte-Pauline, en l’honneur de laquelle furent organisées des dévotions. Sainte-Pauline est, depuis cette époque, considérée comme la patronne de la ville.

La recatholisation du pays devint, après l’écrasement de la résistance des Tchèques, l’un des principaux objectifs des vainqueurs, avec, à leur tête, l’archevêque d‘Olomouc, le cardinal François de Dietrichstejn. En 1624, tous les prêtres non catholiques furent chassés du pays par le souverain, les citoyens s’affichant comme protestants furent obligés de se convertir ou durent vendre leurs biens et quitter le pays. Seule la foi catholique-romaine était autorisée dans tout le pays.

La prise et l’occupation de la ville par les armées suédoises, menées par le général Torstensson en juin 1642, fut une catastrophe pour Olomouc. Les Suédois firent d‘Olomouc leur point d’appui et commencèrent la reconstruction de la ville en une forteresse militaire. Ils détruisirent tous les faubourgs d’Olomouc, se lancèrent dans la réparation des murailles de la ville endommagées, firent incendier et détruire jusqu’aux fondations le monastère de Hradisko. Les mendiants, étudiants et autres personnes incapables d’assurer leur subsistance, furent chassés de la ville. Les Suédois emportèrent en Suède des volumes précieux de la bibliothèque des jésuites d’Olomouc et de celles des monastères locaux.

A l’automne 1648, la paix fut signée à Osnabrück et Münster. Si elle apportait la fin tant attendue des souffrances dues à la guerre, elle ne signifiait toutefois pas le départ des Suédois d’Olomouc. Celui-ci n‘eut lieu qu’après le paiement du dédommagement de guerre convenu, en l’an 1650.

Le séjour des Suédois, long de huit ans, avait signifié pour Olomouc la plus grande catastrophe au niveau de la population et de l’économie dans l’histoire de la ville. L’économie était désorganisée, la population chassée ou décimée, la ville pillée et, dans sa plus grande partie, détruite et incendiée. En 1650, sur 77 maisons de la noblesse et du clergé, seules 23 étaient encore capables de procurer un hébergement, 18 étaient à moitié détruites et 36 l’étaient entièrement. Sur les 623 maisons de bourgeois, seules 145 étaient habitées, 242 étant détruites de moitié, 236 s’étant écroulées. Sur les 656 maisons des faubourgs, pas une seule n’existait encore. En l‘an 1640, Olomouc comptait 30 000 habitants, en l’an 1650 pas plus de 1675 furent comptabilisés. Il fut même proposé de détruire entièrement la ville et d’y construire un village à la place.

L’ancienne métropole de la Moravie était dépeuplée et dépouillée, en ruines. L’image de cette déchéance complète deviendra un triste tournant dans l‘histoire de la ville.