En 1709, la ville d’Olomouc fut ravagée par un grand incendie qui s‘étendit à presque toute la ville. Plus de la moitié de la ville (environ 350 maisons) fut réduite en cendre. L‘église Saint-Maurice fut pratiquement détruite. Les conséquences de cet incendie ne furent toutefois pas si graves étant donné la vivacité bouillonnante des habitants, cela fournit l‘occasion d‘effectuer de vastes reconstructions et de construire de nouveaux édifices, avant tout des bâtiments à caractère non religieux au cœur de la ville.

Les palais de la Noblesse et les maisons bourgeoises acquirent un aspect Baroque, tel que nous le connaissons pour la plupart encore aujourd‘hui. On peut même dire que ce n‘est qu‘après 1709 qu‘Olomouc acquit son aspect de Baroque culminant. Par exemple les familles des Petráš ou des Salm firent reconstruire des maisons en vrais palais aristocratiques (Petrášuv palác, Salmuv palác sur la Place haute). L‘église Saint-Maurice subit elle aussi des réaménagements après 1709.

Les jésuites renouèrent avec leur activité architecturale commencée dans la deuxième moitié du XVII^ème siècle. A côté de l‘édifice monumental de l‘ancien séminaire, ils édifièrent un vaste complexe de bâtiments, en particulier l‘ensemble de l‘école de l‘université d‘Olomouc (1701-1708). L‘église Notre-Dame-des-Neiges (1712-1719) fait partie des œuvres architecturales et artistiques culminantes du complexe universitaire des jésuites. Avec l‘église, les jésuites commencèrent la construction de leur propre cité universitaire. Le dernier ouvrage qui acheva l‘ensemble du complexe fut le nouveau séminaire, édifié dans les années 1721-1724. La chapelle centrale du Corps-du-Christ - ornée de fresques de Jan Kryštof Handke -, fut composée à l‘intérieur du bâtiment du séminaire.

L‘ensemble des six fontaines fut achevé, des colonnes monumentales avec une riche ornementation de sculptures furent édifiées sur les deux places centrales. Sur la Place basse (Dolní námestí) se trouve une colonne de la peste, datant des années 1716-1723, édifiée par la ville en tant que remerciement pour avoir été épargnée par la dernière épidémie de peste. L‘œuvre de sculptures et de pierre la plus vaste de l‘Olomouc baroque est la monumentale colonne de la Sainte-Trinité sur la Place haute (Horní námestí). Son édification commença en 1716 et ne s‘acheva qu‘en 1754.

C‘est avec l‘empereur Charles VI que s‘éteignit en 1740 la dynastie des Habsbourg dans sa lignée masculine. En vertu d‘une sanction pragmatique, c‘est l‘archiduchesse Marie-Thérèse qui monta sur le trône.

Les Pays tchèques devinrent l‘objet d’attaques des princes impériaux. Parmi eux, c‘est le roi de Prusse Frédéric II qui montra le meilleur degré de préparation militaire en envahissant la Silésie dès décembre 1740, sans déclaration de guerre.

A Noël 1741, l‘armée prussienne se trouvait également devant les murailles d‘une Olomouc qui ne s’était pas préparée, et la ville se livra aux Prussiens sans combat. Même si ces derniers n‘y restèrent que peu de temps, ils rappelèrent avec insistance à la cour viennoise qu‘Olomouc avait de par sa position une importance militaire et stratégique, et que la ville possédait une redoutable forteresse.

Sur la proposition du général Rochepin fut édifié autour de la ville tout un ensemble de bastions, casemates, douves et fortins avancés. Comme rien ne devait gêner la vue des futurs défenseurs, tous les bâtiments dans un rayon d‘environ 1,5 km des murailles furent détruits. C‘est un total d‘environ 350 maisons qui furent éliminées, dans lesquelles habitaient plus de 4000 personnes.

Les visites de souverains à Olomouc témoignent du nouveau rôle de la forteresse d‘Olomouc au sein de la monarchie des Habsbourg. C‘est tout d‘abord l‘époux de Marie-Thérèse, François-Etienne de Lorraine (1745) qui se rendit à Olomouc et y rencontra le roi de Pologne et électeur de Saxe August III et son épouse.

L‘impératrice de Hongrie et de Bohême Marie-Thérèse (1740-1780) visita Olomouc avec son époux pour la première fois à l‘été de l‘année 1748. Olomouc accueillit pour la deuxième fois Marie-Thérèse et François 1^er de Lorraine en septembre 1754, dans le cadre de leur voyage en Autriche, Bohême et Moravie, le couple impérial ayant participé à Olomouc à la consécration de la monumentale colonne de la Sainte-Trinité sur la Place haute.

L‘ennemi prussien fit à nouveau son apparition devant Olomouc peu après le début de la guerre de Sept ans (1756-1763). Au printemps 1758, le roi de Prusse Frédéric II pénétra en Moravie dans le but de prendre la forteresse d‘Olomouc, puis de Vienne. Mais, cette fois, Olomouc s’était bien préparée à l‘assaut prussien. Les Prussiens firent le siège d‘Olomouc durant 36 jours, mais ne purent conquérir la forteresse. Marie-Thérèse comblera les défenseurs de la ville de décorations, enrichira les armoiries de la ville. Puis, en 1762, elle lui confirmera le privilège de l‘utilisation du titre de capitale royale.

La forteresse de Marie-Thérèse ne fit qu‘une seule fois la preuve de son utilité au cours de l‘histoire et elle résista en 1758 à ce nouveau siège des Prussiens. Dès lors, et jusqu‘à son extinction, c‘est-à-dire durant presque 120 ans, aucun autre ennemi ne fit plus son apparition devant ses murs.

Si les autochtones profitaient d‘un côté des commandes passées par l‘armée, d‘un autre côté, ce sont surtout des désavantages qui étaient liés à la forteresse. En faisaient surtout partie l‘enfermement de la ville dans ses limites médiévales. Il avait été décidé que tout bâtiment construit devant les murailles devait être immédiatement détruit par son propriétaire, aux frais de ce dernier, dès que le chef de la garnison le considérerait comme nécessaire. Ce n‘était pas précisément un élément alléchant pour l‘industrie manufacturière puis mécanique d’Olomouc.

Dans la ville enfermée par une carapace de glacis et de bastions, entourés de douves, régnaient également de mauvaises conditions de logement et hygiéniques. La supériorité numérique de la population masculine en uniformes militaires créait aussi des problèmes sociaux, avant tout le développement des jeux de hasard, de l‘alcoolisme et de la prostitution.

Les années de règne de Marie-Thérèse (1740-1780) et de son fils Joseph II (1780-1790) signifièrent le renforcement du rôle de l‘absolutisme royal. Joseph II surtout s‘étant efforcé de réglementer la vie de toutes les couches de la société d‘alors, y compris la noblesse et le clergé.

L‘influence grandissante de l‘Etat absolutiste peut également être observée dans le domaine spirituel, en particulier dans l‘école. Lorsque fut supprimé en 1773 l‘ordre des jésuites, l‘université d‘Olomouc fut étatisée. En 1778, elle fut dissoute par décret de l‘empereur Joseph II, transférée à Brno, mais seulement en tant que lycée, sans droit de promotions doctorales. Quatre ans plus tard, le lycée revint à Olomouc, mais l‘université en tant que telle n‘y fonctionnait déjà plus.

En 1781, le servage fut supprimé dans les territoires des Habsbourg, une patente de tolérance autorisa les non-catholiques et, sur la base d‘une patente de Joseph II datant de 1781, furent supprimés les ordres mendiants ne prenant pas en charge les soins des malades ou l‘enseignement scolaire. Six des neuf monastères d‘Olomouc furent dissous, de même que fut réduit le nombre d‘églises et de chapelles d‘Olomouc sous le règne de Joseph II.

En 1788 vivaient à Olomouc dans 600 maisons, 8000 soldats, 6000 civils, 160 religieux et 200 moines. L‘empereur Joseph II était un visiteur fréquent d‘Olomouc, car une garnison militaire s‘y trouvait, les affaires militaires l‘y appelant fréquemment.

C‘est en 1770 que fut créé dans la ville un théâtre permanent, l‘élévation en 1777 de l‘évêché au rang d‘archevêché a eu une grande importance pour le développement d’Olomouc.

Il est remarquable de constater qu‘à Olomouc où l‘évêché d‘Olomouc et, surtout, les jésuites avaient freiné la diffusion de l‘idéologie des Lumières, les efforts réformateurs trouvèrent un terreau favorable. En 1746 y naquit la société savante Societas incognitorum eruditorum in terris Austriacis, la première de son genre dans la monarchie des Habsbourg, dans le cadre de laquelle purent se développer des recherches scientifiques éclairées.

Le XVIII^ème siècle fut très riche en événements intéressants. Un événement exceptionnel fut le séjour de deux mois du jeune Wolfgang Amadeus Mozart à Olomouc. En octobre 1767, le maître d‘orchestre de l‘archevêque de Salzbourg Leopold Mozart quitta Vienne pour se rendre à Olomouc, fuyant l‘épidémie de variole, accompagné de son épouse, de son fils de onze ans Wolfgang et de sa fille de quatorze ans, Nannerl. Les «prodigieux enfants» Mozart, dont la virtuosité émerveillait le public européen de l‘époque, tombèrent malades à Olomouc. Mais leur maladie n‘eut pas de développement néfaste et le jeune artiste composa durant sa convalescence à Olomouc sa 6^ème symphonie en Fa majeur.

A la fin du XIII^ème siècle, d‘autres personnalités importantes restèrent à Olomouc. Le fondateur mondialement connu de la slavistique, Josef Dobrovský, y travailla dans les années 1787-1790, en tant que vice-recteur et recteur du séminaire général de Hradisko.

A signaler également le séjour à Olomouc du général français Marie-Joseph de La Fayette, qui passa les années 1794-1797 enfermé dans les casemates de la ville, fut un peu moins joyeux.