L‘Eglise du début du Moyen Age était dépendante du pouvoir séculier. Son effort d‘émancipation s‘exprima par la lutte entre l‘empire et la papauté, dont l‘objectif final était la création d‘une Eglise chrétienne universelle, au-dessus des souverains séculiers – empereurs, rois et princes. Tandis que dans le Saint-Empire romain se déroulait déjà une lutte pour l‘émancipation de l‘Eglise depuis le milieu du XI^e siècle, les pays tchèques et toute l‘Europe centrale en restèrent longtemps abrités. A la différence de l‘occident, la christianisation y avait été étroitement liée à la naissance des états: dans l‘esprit de l‘idée «un seul dieu-un seul roi», elle leur avait fourni un soutien idéologique. Les Eglises de ces pays y étaient sous la surveillance et la protection des souverains et la combative papauté radicale dut longtemps se battre pour en prendre le pouvoir.

En Bohême, la vie du clergé ne se différenciait pas trop de la vie des laïcs - les prêtres se mariaient couramment et avaient des enfants, les fonctions religieuses étaient occupées par des laïcs, certains servant même la messe. Tout cela dépassait les limites tolérées par la curie papale. Les tentatives de réforme ne pouvaient toutefois s‘exprimer que dans les composantes du clergé qui avaient une ouverture de vue suffisante et des contacts avec le monde chrétien au-delà des frontières. Ce n‘est qu‘au XII^e siècle que les fonctions cléricales élevées furent couramment occupées par des personnes ayant obtenu une formation dans les écoles européennes et que le sentiment d‘appartenance de l‘Eglise tchèque avec la chrétienté occidentale commença à se renforcer. L‘évêque morave Jindrich Zdík faisait également partie de ces érudits de format européen.

Jindrich Zdík était un partisan résolu de la réforme de l’Eglise et, grâce à ses contacts, obtint des succès dans ce domaine, succès par lesquels la Moravie dépassa la Bohême. C‘est directement du roi allemand Conrad III qu‘il obtint pour son diocèse en 1144 des privilèges importants, par lesquels le patrimoine de l‘Eglise était libéré du pouvoir des princes et directement soumis à l‘évêque – ces privilèges, qui sont considérés comme les premières dispositions immunitaires sur le sol tchèque, furent confirmés dans toute leur étendue par le prince tchèque Vladislav II en 1447.

Jindrich Zdík monta sur le siège épiscopal morave en 1126 et, quelques années plus tard, réceptionna de la part du prince mourant d‘Olomouc l‘église inachevée de Saint-Venceslas, fondée dans le château d‘Olomouc. En 1131, la basilique fut consacrée, mais son achèvement ne fut probablement réalisé qu‘en 1141, lorsqu‘y fut transporté le titre épiscopal et fondé un nouveau chapitre de douze membres. Inspiré par ses voyages à Jérusalem, l‘évêque décida d‘introduire dans son chapitre la vie commune pour les chanoines – dite vita communis. Près de la cathédrale, il fit édifier d‘autres bâtiments, pour la construction desquels il fit venir de l‘étranger des tailleurs de pierre et des maçons. Le palais épiscopal magnifiquement ornementé faisait partie à son époque des chefs-d‘œuvre de l‘architecture romane européenne – certains éléments exceptionnellement rares de caractère antique des fenêtres du palais sont considérés comme étant le témoignage du contact étroit entretenu avec les travaux des chantiers de construction sur le Rhin supérieur, voire même comme étant la preuve de la participation directe des chantiers qui avaient travaillé à la construction de la cathédrale de Spire.

Lors de ses voyages, Jindrich Zdík avait acquis des livres de liturgie qui servirent par la suite d‘exemples pour la création dans son atelier d‘écriture – le scriptorium. Il ramena à Olomouc de la région rhénane le peintre Hildebert, qui, avec son aide Ewervin, créa pour l‘évêque un codex richement équipé – le fameux Horologium d‘Olomouc.

Bien que les princes des trois apanages moraves – Olomouc, Brno et Znojmo – se soient efforcés d‘atteindre un certain niveau de souveraineté, la Moravie était considérée comme une seule entité, au sein de laquelle les apanagistes avaient une part du pouvoir. Leur titre officiel était „prince de Moravie“ et les descendants de la première génération avaient dans leurs apanages le droit héréditaire de régner. En prêtant serment, les princes s‘engageaient à rester fidèle au souverain pragois et le code du séniorat donnait à chacun d‘eux l‘espoir de devenir souverain tchèque, en devenant senior. Mais les règles en question étaient violées aussi bien par les souverains pragois, qui intégraient aux apanages un droit d‘„administration“ injustifié, que par les apanagistes, qui s‘efforçaient de parvenir jusqu‘au trône souverain. A la fin du 12^ème siècle, la division de la Moravie en trois apanages commença à tomber en désuétude et le Margraviat de Moravie entra en scène. Durant un certain temps, ces deux formes alternèrent.

Le titre de „margrave de Moravie“ apparaît pour la première fois sur un acte écrit datant de 1179 et est lié à la personne de Premysl Otakar I.

Le titre apparaît à nouveau vers l‘an 1182, lorsque l‘empereur du Saint-Empire romain germanique, Frédéric 1^er dit Barberousse, attribua en fief le margraviat de Moravie au Premyslide de Znojmo Konrad Ota. Certes, jusqu‘alors, les branches des Premyslides de Brno et d‘Olomouc vivaient, mais le margrave était au-dessus d‘eux dans sa fonction.

La fonction de margrave est à nouveau mise en place par un accord datant de 1197, qui mettait fin aux luttes pour le pouvoir dans la Bohême des Premyslides, qui duraient depuis un quart de siècle: Vladislav Jindrich renonçait au trône princier et se satisfaisait du titre de margrave de Moravie, Premysl Otakar obtenait le pouvoir en Bohême. Le règne de Premysl Otakar I, qui fut couronné roi de Bohême en 1198 à Mayence, avec un droit de titre héréditaire, ouvrit la voie du futur essor d‘un Royaume tchèque d‘une grande puissance.